Darth Biology

Darth Biology

Интересно обо всём, что относится к биологии и медицине. Просто о сложном. Подробнее: https://vk.cc/avRGC5 Помочь проекту: https://goo.gl/osb6Eb
Я обещала, что про вакцины не буду разговаривать ещё очень долго, но мой самый любимый подкаст Крит|Мышь позвал меня поучаствовать в открытии нового сезона ещё до этого... Конечно, я не могла отказать Саше, тем более, что, кроме меня, в выпуске была ещё одна гостья — замечательная специалистка в области научной коммуникации Елизавета Дубовик, директор медицинского офиса КБ "Палиндром".

Этот выпуск — это отчасти сеанс коллективной психотерапии / рефлексии на тему, которая всех очень волнует: кто виноват и что делать? И простых ответов тут нет, есть только сложные.

Послушать подкаст можно на любой удобной платформе:
-ВКонтакте
-Castbox
-Сайт
-Яндекс
-Apple
-Google
8/3/2021 11:29:06 PM
Казалось бы, в биологии и медицине всё вполне неплохо с гендерным равенством: в мире много женщин, работающих в исследовательских и клинических центрах, в том числе на руководящих должностях. Однако есть одна проблема, про которую вспоминают нечасто.

Эта проблема — недостаточная представленность женщин в клинических исследованиях. Речь тут идёт, безусловно, не об исследованиях рака предстательной железы, а о вполне распространённых среди женщин, например, сердечно-сосудистых заболеваниях. Сразу отмечу, что речь в посте пойдёт в большей степени об иследованиях "западного типа", так как в СССР дело с клиническими исследованиями обстояло иначе. Думаю, тема клинических исследований в Советском Союзе требует отдельного поста.

С наукой западного типа, к которой сейчас относится и наука постсоветского пространства, ситуация постепенно выравнивается: исследование 2019 года показало, что доля женщин в исследованиях 1966-2018 гг. составляет 49%. Однако женщины всё ещё плохо представлены в исследованиях сердечно-сосудистых заболеваний, ВИЧ/СПИДа, гепатитов, хронической болезни почек и заболеваний системы пищеварения.

Как же так получилось? Всё дело в том, что вплоть до начала 90-х годов женщин не включали в многие клинические исследования. Самым глобальным исследованием с участием женщин было, пожалуй, Nurses' Health Study, третья часть которого продолжается до сих пор. Однако это исследование было скорее исключением из правил. 

Отсутствие женщин в клинических исследованиях до этого момента объясняли распространённым заблуждением о скачущих уровнях гормонов у женщин, что якобы может влиять на результаты исследований. Только в 1993 году был принят акт ревитализации Национального института здоровья США, который по сути разрешил женщинам и меньшинствам (minorities) участвовать в клинических исследованиях. 

Проблемы, связанные с недостаточной представленностью женщин в более ранних исследованиях, мы ощущаем до сих пор. Важно понимать, что многие заболевания у женщин и мужчин могут проявляться по-разному, в том числе пресловутые сердечно-сосудистые патологии. Женщин лечат не так усиленно, как мужчин, в результате чего прогнозы женщин могут быть гораздо хуже. Кроме того, мы уже как-то раз обсуждали, что в случаях остановки сердца женщинам реже оказывают первую помощь.

Ещё одна важная проблема — дозы препаратов. У цисгендерных мужчин и женщин чаще всего разные типы телосложения, разные составы тела. В большинстве случаев это не имеет значимого эффекта, однако в ситуациях, связанных со здоровьем, мы обязаны предусматривать все возможные исходы. Например, одним из препаратов, имеющих ограничения по применению, связанные с телосложением разных людей, является золпидем — препарат, применяющийся при бессоннице. Другой пример — в 2001 году FDA сообщило о том, что 8 из 10 изъятых ведомством с рынка США препаратов были более опасны для женщин, чем для мужчин. Ну и, безусловно, имеют значение фармакодинамические различия для отдельных препаратов.
8/1/2021 3:15:51 AM
� @SBERLOGA начинает серию онлайн докладов посвященных Альфафолд (революционному достижению от Гугл ДипМайнд на стыке датасайнс и биологии)
�‍� проф. О. Калинина (Helmholtz Institute),  к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН):  "Предсказание трехмерной пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения" 
�️ Пятница 23 июля, 18.00 по Москве

AlphaFold – программа для предсказания пространственной структуры белков с помощью глубоких нейронных сетей, созданная компанией DeepMind, которая уже отметилась значительными успехами в создании программ, играющих в шахматы и го. AlphaFold наделала много шума осенью 2020 года, когда ей удалось с большим отрывом выиграть соревнования по предсказанию трехмерных структур белков CASP. 15 июля этого года была опубликована статья в Nature с описанием метода (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2) и код на GitHub (https://github.com/deepmind/alphafold). Прежде чем разбираться в деталях реализации нейросети, мы хотим рассказать про классические методы предсказания пространственной структуры и историю CASP. Также мы обсудим особенности локального развертывания AlphaFold и покажем результаты первых бенчмарков на собственных научных задачах.

Подробнее о докладчиках: 
Ольга Калинина, профессор drug bioinformatics, Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland and Saarland University (https://www.helmholtz-hips.de/en/research/people/person/prof-dr-olga-kalinina/), Артур Залевский, кандидат биологических наук, младший научный сотрудник, Институт биоорганической химии РАН (http://www.ibch.ru/structure/groups/lbaccb/1510)

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://tgio.net/re/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga
7/23/2021 4:32:27 AM
Если честно, вот теперь тема вакцинации достала и меня, поэтому я планирую на долгое время забыть про неё и заняться обсуждением других вещей. Ну, если, конечно, каких-нибудь форс-мажоров не случится. Новые публикации в журналах к ним не относятся: про них первыми напишут СМИ.

Но я знаю, что всех, в том числе и меня, беспокоит проблема открытости данных. У меня есть некоторые предположения о том, почему с открытостью данных по Спутнику такие проблемы, но я бы предпочла ими не делиться. Всё просто: частично они основаны на моих размышлениях и опыте работы с российской наукой, частично — на инсайдерской информации. Поэтому разве что скажу, что мои предположения частично сегодня подтвердились в статье Reuters.

Издание ссылается на инсайдеров в Европейском медицинском агентстве, строгий отбор которого безуспешно пытается пройти Спутник для регистрации в Европе. Что же пишут? Если вы позволите, я пропущу цитирование РФПИ, так как у них очевидный конфликт интересов. Ну и про свой будет нелишним упомянуть: я привита Спутником.

1. Разработчики вакцины неоднократно не предоставляли данные, которые требует регулятор для регистрации.

2. На начало июня агентство практически не получало данных о производстве, а клинические данные были неполными.

3. В частности, отсутствовала информация о формах отчетов, в которых отмечаются любые нежелательные явления, которые испытали люди после вакцинации. Также для регулятора неясно, как отслеживались результаты в группе плацебо.

Пока все не очень радужно. И вообще, казалось бы, плохо. Но вот тут появляется надежда.

4. Все проблемы были разделены на категории по шкале критические нарушения — серьезные нарушения — незначительные нарушения. По словам источника Reuters, критических нарушений не было, но есть несколько серьезных. Эти нарушения указывают на проблемы, которые можно исправить, но для этого нужно проделать большую работу. Также, по словам источника, не следует ожидать, что эта работа будет завершена до конца лета.

5. Несколько людей, взаимодействовавших с НИЦЭМ Гамалеи, объяснили сложившуюся ситуацию отсутствием опыта работы с зарубежными регуляторами у разработчиков вакцины: "Они не привыкли работать с регулятором вроде ЕМА".

6. ЕМА применяет одни и те же стандарты ко всем заявителям.

7. Упоминаются истории с Бразилией, Словакией и Венгрией, в том числе говорится о разрешении вопросов с Бразилией и Венгрией, а также возврате вакцины в Россию по причине низкого спроса.

8. Упоминается, что при культивировании основного банка клеток использовалась фетальная бычья сыворотка (стандартно используется в культурах — прим.), происхождение которой не было задокументировано (вероятно, речь идёт об отсутствии данных о производителе, партии, серии, источнике сыворотки и т.д., это необходимо в целях безопасности — прим.). РФПИ ответил, что при культивировании не использовали неизвестную сыворотку, есть независимые подтверждения отсутствия в сыворотке прионов, кто проводил экспертизу, в РФПИ не уточнили.

9. Далее подробнее рассматривается кейс с Бразилией и регулятором Anvisa.
7/14/2021 8:09:30 PM

7/13/2021 1:08:03 AM
Не, это, конечно, определенно не Nature и не The Lancet, но появившиеся расстройства по поводу качества журнала я не очень понимаю. Довольно приличный журнал с неплохим H-индексом (37) с относительно быстрым опубликованием (что сейчас крайне важно). Журнал занимает 21 строчку в рейтинге Scopus по направлению Drug Discovery. Понятно, что к MDPI было много вопросов относительно их системы рецензирования, но это, скажем так, обратная сторона политики open-access. Очень сложно выдавать каждую свою статью в журналах типа The Lancet и NEJM. Думаете, российские исследователи одни хотят статью в журнале? В том же NEJM вполне внушительная очередь страждущих. Достаточно просто хороших публикаций в хороших журналах :)
7/12/2021 11:36:07 PM
Не, это, конечно, определенно не Nature и не The Lancet, но появившиеся расстройства по поводу качества журнала я не очень понимаю. Довольно приличный журнал с неплохим H-индексом (37) с относительно быстрым опубликованием (что сейчас крайне важно). Журнал занимает 21 строчку в рейтинге Scopus по направлению Drug Discovery. Понятно, что к MDPI было много вопросов относительно их системы рецензирования, но это, скажем так, обратная сторона политики open-access. Очень сложно выдавать каждую свою статью в журналах типа The Lancet и NEJM. Думаете, российские исследователи одни хотят статью в журнале? В том же NEJM вполне внушительная очередь страждущих. Достаточно просто хороших публикаций в хороших журналах :)
7/12/2021 11:36:07 PM
Тем временем, буквально только что вышла обещанная новая статья по эффективности Спутника V против новых штаммов SARS-CoV-2. Отправляюсь читать, а ссылку оставляю вам

https://www.mdpi.com/2076-393X/9/7/779
7/12/2021 9:45:27 PM
Конспекты в формате вопрос-ответ, которые мы готовили совместно с ведущими экспертами по вакцинации:

1. О вакцине Спутник V: популярные вопросы

2. О вакцине Спутник V. Часть 2: популярные вопросы

3. Мифы о вакцинации: в целом и от COVID-19

Эфиры и подкасты:

1. Эфир с Антониной Обласовой о вакцинации в целом

2. О вакцине Спутник V. Часть 3: обновление, июнь 2021 года. В том числе про дельта-штамм

3. Выпуск подкаста Эффект Наблюдателя с одним из разработчиков Спутника V: о разработке вакцины и теоретической части

Ревакцинация:

1. Заседание президиума Координационного совета: министр здравоохранения М. Мурашко сообщил об углубленной диспансеризации для переболевших COVID-19, вакцинации иностранцев Спутником Лайт, зампредседателя Правительства Т. Голикова сообщила о рекомендации вакцинации через 6 месяцев ранее вакцинированным и переболевшим

2. CDC рекомендует прививаться переболевшим COVID-19

3. Рекомендации ВОЗ доступным языком (на русском языке, да и вообще очень полезный раздел о COVID-19 именно на сайте ВОЗ)
7/8/2021 9:25:05 PM
Почему важно, чтобы информирование граждан было доступным?

Чтобы найти актуальную информацию по вакцинации, нужно заранее знать, куда заходить. Нужно знать, как и где искать официальную инструкцию к вакцине: многие не в курсе о существовании сайта ГРЛС. Нужно знать, что на сайте Минздрава информации днём с огнём не сыщешь, что информация есть на сайте Роспотребнадзора. Оформление сайта и его удобство — отдельный немаловажный вопрос, но надо отдать должное ведомству: там действительно есть ответы на многие вопросы. Правда, оформлены они непонятно. Выглядит это так, будто просто нужно что-то повесить на сайт. Ни о каком юзер-френдли опыте обращения с сайтом речи не идёт. Информация на сайте стопкоронавирус.рф представлена куда лучше, но я с удивлением продолжаю узнавать, что про этот сайт до сих пор многие не в курсе.

И пока для того, чтобы получать информацию, нужно или знать английский язык, или заранее знать, где её найти, агитация против прививок идёт старыми проверенными способами.
7/8/2021 7:55:33 PM
Тут @ProektShmelya выпустила новое видео. О вакцинации. И в нём слились все чаяния людей, которые, в целом, за вакцины, но с опасением относятся именно к российским вакцинам/вакцине против COVID-19.

Я прекрасно понимаю, что за пределами моего информационного пузыря есть много людей, которые ничего не знают (и будем честны — в принципе не обязаны) о вакцинах, каких-то там векторах, «побочных» явлениях. Ну был у людей когда-то там курс биологии, у них и курс химии был, не шеймят же их за то, что они не помнят, что такое царская водка. Можно возразить, что биология-то поважнее будет: это же ваше здоровье. Но, боюсь, так думает любой исследователь о своей профессии.

Именно поэтому так важна разъяснительная, просветительская работа. Проблема в том, что вся информация уже есть, она написана очень доступно и понятно. Но на английском языке, например на сайте Министерства Здравоохранения Великобритании или на сайте Центров по контролю заболеваемости США. Большими прям такими буквами на главных страницах написано: «Все ответы на ваши вопросы о COVID-19, дорогие пациенты и врачи, собраны тут, тыкайте».

Что на главной странице сайта Минздрава РФ? Картиночка, призывающая вакцинироваться. На которую нельзя тыкнуть и узнать, зачем, чем, где, к чему быть готовыми. Новости о выпуске новых рекомендаций, которые ни один пациент читать не будет, о выпуске Порядка направления на углубленную на диспансеризацию, региональные новости о том, что в Рязанской области кардиодиспансер получил новые аппараты ИВЛ.

Может, дальше что-то есть? Полезные ресурсы: фармакопея (пациенты слов-то таких не знают), медицинские инновации, бережливая поликлиника. Ага, вот, ниже есть маленькая кликабельная картинка, которая перенаправит вас на раздел про COVID-19. Знаете, что там? Федеральный регистр, информационно-аналитическая система и прочая эпидемиологическая информация. Это всё прекрасно. А где раздел для пациентов? Где объяснение того, как работают вакцины? Прям на пальцах? Есть сайт Спутника V, но мы все прекрасно понимаем, что у его авторов серьёзный конфликт интересов.

А пока даже у просвещённой Кати Конасовой возникают идеи о том, что надо пройти полное обследование с кучей анализов перед вакцинацией. Это не так. Катя, не уверена, что Вы это прочитаете, но если что вдруг: не надо сдавать миллион анализов. Те, кому надо, и так про это знают: в инструкции указаны противопоказания. Если у человека есть тяжёлое заболевание системы кроветворения, поверьте до 18 лет (с которых сейчас официально разрешена вакцинация) он и так об этом узнает. Да и это не является абсолютным противопоказанием, а отмечено в разделе «с осторожностью». Среди абсолютных противопоказаний — острые заболевания, хронические в стадии обострения, тяжелые аллергические реакции в анамнезе.

Не очень люблю примеры из жизни, но тут пример очень иллюстративный. У меня есть знакомая с заболеванием крови (не буду говорить каким именно, скажу только, что оно встречается в общей популяции с частотой до 5%, а у большинства пациентов не приводит к серьёзным последствиям, но требует мониторинга). Зарубежные организации рекомендуют прививаться, даже антираспиаренной вакциной AstraZeneca. В инструкции к Спутнику V заболевание не указано в качестве противопоказания. Но врач знакомой перестраховывается и пока не рекомендует прививаться. Международные организации, в свою очередь, считают, что от прививки будет больше пользы, чем вреда, ведь потенциальные осложнения от COVID-19 куда опаснее, а их риск — выше. Но врач непреклонен (решение врача оценивать и обсуждать не возьмусь, что бы я делала в такой же ситуации — тоже, это неэтично).

К чему я про это рассказываю? К тому, что знакомая не вчера узнала про заболевание. Она знает про него давно, потому что такие заболевания сложно пропустить. И именно таких случаев — абсолютное большинство в популяции. Поэтому перед вакцинацией и нужна консультация врача, а вот рутинно проходить углублённую диспансеризацию абсолютно всему взрослому населению — это не только неэффективно, но ещё и затратно, да и пациентов растревожит.
7/8/2021 7:03:50 PM
Весьма интересное наблюдение от коллег по цеху. А у вас какое мнение на этот счёт? Пишите в @db_feedbot, жутко интересно почитать
7/5/2021 9:32:08 PM
Я тут участвую в народном исследовании: волонтёры ищут защитный титр нейтрализующих антител от дельты-штамма SARS-CoV-2. Для того, чтобы в нём участвовать, конечно, нужно было сдать анализ на антитела к S-белку.

Что я могу сказать? Прошло 3.5 месяца. Значение несколько ниже, чем было в марте, но я уже говорила, что более низкий титр антител не означает, что защиты нет. Даже если человек без активно выраженного гуморального иммунитета (высокого титра антител) заболеет, его защитит клеточный иммунитет, а антитела — дело наживное. Сегодня есть — через пару месяцев нет.

Высокий титр антител может говорить о том, что у меня изначально был очень высокий титр (что правда), или о том, что я регулярно с вирусом встречаюсь, например в общественном транспорте (что тоже звучит весьма правдоподобно).

Но заклинаю вас: если вы не участвуете в клинических/народных исследованиях, не сдавайте анализ на антитела. Без дополнительной информации о вашем конкретном случае этот анализ разве что может растревожить.
7/5/2021 8:25:16 PM
Давние подписчики канала наверняка знают историю об Эндрю Уэйкфилде, сфальсифицировавшем исследование, якобы доказавшее связь вакцинации и аутизма. Однако эта история не единственная, к сожалению, довольно подробно эту историю осветил сегодня один из пользователей Twitter. История супергромкая: у человека отозвали 88 из 102 опубликованных с 1999 года статей!

Остаётся тут разве что порадоваться тому, что тайное всегда становится явным: нельзя придумать ерунду, выпустить ее в свет и думать, что никто не схватит тебя за руку. Нельзя выпускать ерунду, иначе получишь кучу штрафов. Единственный выход — это добросовестные исследования.

Тред о Йоахиме Болдте
7/3/2021 7:58:29 PM
Я, пожалуй, тоже склоняюсь к тому, что нужно быть последовательными: раз уж мы воротим нос от частных историй, то от всех.

Но вижу явный запрос на позитивные истории. Таких историй, на самом деле, очень много — весь проект @Sputnik_results именно об этом. Там тысячи отзывов реальных людей, которые добровольно делятся своими данными с проектом: от людей с аутоиммунными заболеваниями, от планирующих беременность женщин, от пожилых людей, от пациентов с онкологическими заболеваниями.

Я же хочу оставить тут совсем не положительную, но крайне поучительную историю. Таких историй много, потому что людей с реальными медотводами — сотни тысяч. И пока одни люди придумывают поводы взять справку у врача, другие не могут привиться из-за генетической мутации. Рады бы, да не могут.

https://www.instagram.com/p/CQgcnOmlfWo/
6/24/2021 11:28:52 PM

Channel Informations

Members: 12131

Last Update: 03/08/2021 19:11:24 PM

Invite Link: ...

Open Telegram Channel

В каком возрасте спится лучше всего и сколько людей страдают от бессонницы?  Как спят люди во всем мире — в диаграммах и графиках:  https://bit.ly/31RRffA ...
Read More
8/23/2019 2:25:35 AM
Самой лучшей помощью медикам в борьбе с нынешней пандемией сейчас является самоизоляция. Пожалуйста, не выходите из дома без крайней необходимости! А работникам удаленки и студентам, дописывающим сейчас ВКР, посылаю лучи добра и удачи. Хочется процитировать Ивана Урганта: «Работаем, ребят!» #studyhome #workhome #stayathome ...
Read More
3/31/2020 6:05:47 PM
20+ увлекательных и познавательных каналов об архитектуре, кино, науке и литературе. Только то, что читаем мы сами и что советуем каждому, кто жаждет знаний:  https://bit.ly/2LbqPiB ...
Read More
5/22/2020 12:49:20 AM
Если вы не смогли прийти на лекцию Джона Иоаннидиса, очень рекомендую поскорее отыскать ее запись. Говорят, что она уже есть в группе Мегабайт Медиа ...
Read More
10/26/2019 2:01:13 AM
Коллеги! Питер! Максимальный репост! Найдите моего студента!  По камерам во вторник в 10:36 вышел из Первого меда в метро! ...
Read More
1/16/2020 4:49:06 PM
Табличка в переводе Алексея Водовозова о рисках передачи нового коронавируса в различных условиях ...
Read More
8/30/2020 8:08:10 PM

Learn how create website from telegram channel

Here is an easy tutorial with small steps for tgio bot. All of your post will add to your website from today. Start now.

Start tutorial
Подъехала занимательная статистика от опроса фармакологической компании STADA: 81% россиян сталкивались с неэффективностью лекарственных препаратов. 86% россиян занимаются самолечением. 50% важно, чтобы лекарства назначал врач (только 50%!!). 45% важна стоимость препарата. 48% практически ничего не знают о качестве лекарств.  https://madmed.media/stadaresearch/ ...
Read More
9/18/2019 8:40:37 PM
Сегодня Всемирный день науки. Несмотря на то, что мы многое уже знаем об устройстве нашего мира, Вселенная постоянно находит, чем нас удивить и озадачить. И разобраться со всеми неопределенностями нам поможет именно «свеча во тьме» — наука. С праздником, коллеги! ...
Read More
11/11/2019 3:50:36 AM
Один из безусловных плюсов моей деятельности — это горизонтальные связи. Недавно я ходила к офтальмологу Глебу Арсланову, с которым впервые познакомилась на одном из лекториев, где он рассказывал о том, что такое Cochrane, частью российской команды которого он является. Глаза у меня не особо интересные с медицинской точки зрения, а ...
Read More
3/2/2020 11:03:31 PM
#подкаст Не так давно у наших друзей Крит|Мышь вышел подкаст о научных новостях и о том, почему они могут раздражать. Я тоже часто сталкиваюсь с такой проблемой: я пытаюсь максимально точно отразить суть новости в заголовке, но тогда такие материалы набирают куда меньше просмотров. Зато у материала «Аспирин против рака» ...
Read More
6/29/2019 1:39:41 AM
Недавно в США провели большой мета-анализ, в котором рассчитали вероятность неверно поставленного диагноза, а также в % соотношении вред, который причинили больному, когда неверно его диагностировали и лечили.  Так, 62% — это ошибка в постановке диагноза спинального абсцесса, и тем самым причиняют больному 57,9% вреда. В соотношении на одного ...
Read More
5/18/2020 2:00:52 AM
Чеклист здорового взрослого:  http://amp.gs/sJFP ...
Read More
12/4/2019 12:21:34 AM
Дети с астмой имеют более высокий риск возникновения тревоги и депрессии, которые, в свою очередь, ведут за собой частые вызовы скорой помощи, госпитализации, обращения к врачу.  Исследование на 65 тысячах детей показало вдвое увеличивающееся количество обращений в неотложку и последующих госпитализаций у тех, кто имел депрессию и тревогу. ...
Read More
9/26/2019 2:15:06 AM